（1）水文情勢(shì)發(fā)生改變。水庫(kù)對(duì)水文情勢(shì)的直接影響是改變了下游河道水量分配過(guò)程，水量的年內(nèi)變化趨于平坦。下游河道原有的水文節(jié)律被打破。Lauterbach等人研究發(fā)現(xiàn)，歐洲中部許多河流受水庫(kù)的調(diào)節(jié)，50年一遇的洪水流量減少20％。美國(guó)科羅拉多河格倫峽水庫(kù)下游10年一遇的洪流流量減少了75％。部分水庫(kù)蓄水未考慮下游河道生態(tài)需水要求，導(dǎo)致河流水生境破壞，甚至發(fā)生河道斷流。

同時(shí)，大壩的擋水作用改變了庫(kù)區(qū)水流條件，使庫(kù)區(qū)從急流（流水）區(qū)轉(zhuǎn)化成靜水（滯水）區(qū)。

（2）水體溫度發(fā)生變化。水庫(kù)蓄水后水深增加，水體的透光性能差，熱量向下傳遞減少，庫(kù)區(qū)深水區(qū)水體溫度會(huì)下降，表現(xiàn)出溫度分層現(xiàn)象：多數(shù)水庫(kù)都有強(qiáng)弱不同的水溫分層現(xiàn)象。Orlod根據(jù)水庫(kù)的調(diào)節(jié)性能。將水庫(kù)水溫分層分為穩(wěn)定分層型、混合型和過(guò)渡型。另外，由于高壩大庫(kù)一般在大壩底部泄流。下游河道水溫呈現(xiàn)出冬季升高和夏季降低的勻化過(guò)程。較天然過(guò)程存在滯后性，影響距離可達(dá)到數(shù)百千米。而梯級(jí)水庫(kù)對(duì)河道水溫的影響更為復(fù)雜。存在波動(dòng)性和累積性。張黎明采用數(shù)學(xué)模型計(jì)算的結(jié)果表明：三峽庫(kù)區(qū)4月～6月水體分層較強(qiáng)。垂向溫差大于8℃。

（3）庫(kù)區(qū)納污能力減弱。水庫(kù)建成后，庫(kù)區(qū)水體流速明顯降低，污染物極易產(chǎn)生富集。李錦繡等人計(jì)算分析后認(rèn)為，三峽水庫(kù)建成以后，隨著水位抬高，流速減緩，單位時(shí)間內(nèi)BOD等有機(jī)污染物降解速率明顯減小。袁弘任等認(rèn)為，隨著三峽水庫(kù)蓄水位的增加，水域納污能力逐步減少，且支流回水區(qū)末端受庫(kù)水位頂托影響，形成相對(duì)靜止的庫(kù)灣，不利于氮、磷等物質(zhì)的擴(kuò)散和交換，易導(dǎo)致富營(yíng)養(yǎng)化監(jiān)測(cè)結(jié)果表明，從2003年三峽水庫(kù)首次蓄水開(kāi)始，香溪河庫(kù)灣已發(fā)生多次春季水華現(xiàn)象。

（4）水生態(tài)系統(tǒng)脆弱化。水庫(kù)對(duì)水生態(tài)系統(tǒng)的影響主要體現(xiàn)在三個(gè)層級(jí)：第一個(gè)層級(jí)是對(duì)生源要素的影響。因?yàn)楹拥浪�力條件的變化，直接對(duì)物質(zhì)流、能量流和信息流產(chǎn)生影響，這些都是水生生物的生源要素；第二個(gè)層級(jí)是對(duì)棲息地環(huán)境產(chǎn)生影響，主要是水流、泥沙條件發(fā)生變化以后，河道形態(tài)、泥沙沖淤過(guò)程、棲息地面積隨之發(fā)生變化：第三個(gè)層級(jí)是河流生態(tài)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)和功能發(fā)生變化，如水生生物種群結(jié)構(gòu)、種群數(shù)量、物種密度等發(fā)生變化，這也是生源要素、棲息地環(huán)境發(fā)生變化的生態(tài)響應(yīng)結(jié)果可見(jiàn)，水庫(kù)的運(yùn)行，無(wú)論是對(duì)生態(tài)系統(tǒng)的非生命物質(zhì)環(huán)境還是對(duì)生物群落都產(chǎn)生了影響，使得水庫(kù)上下游生態(tài)系統(tǒng)脆弱化。